Tag Archives: analyse spatiale

Statistiques – L3 ST (10h CM – 15h TP)


Rappels

Les bases

  • Philosophie
  • Quelques définitions
  • Présentation des données
  • Paramètres d’une distribution

Statistiques inférentielles

  • Pourquoi utiliser des statistiques inférentielles?
  • Hypothèses
  • Décision et erreurs
  • Paramétriques ou non paramétriques?
  • Quelques tests parmi les plus courants

Comparaison de k groupes

Analyse de variance à 1 facteur

  • Principe
  • Formalisation
  • Conditions d’application
  • Tests a posteriori

Alternatives non-paramétriques

  • Le test de Kruskal-Wallis
  • Autres

Analyse spatiale avec R – une rapide introduction 

Rappels de statistiques

  • Le test de Kolmogorov-Smirnov
  • La loi de Poisson

Analyse spatiale des motifs (point pattern analysis)

  • Distribution spatiale: le but
  • Analyse des quadrats
  • Analyse du plus proche voisin
  • La fonction G
  • La fonction F
  • Le K de Ripley
  • Représentation par densité kernel

Auto-corrélation spatiale

  • Le principe
  • Un exemple temporel
  • Auto-corrélation spatiale
  • L’indice de Moran
  • Test et graphe de l’indice de Moran

Interpolation

  • Le principe
  • Diagramme de Voronoï
  • IDW: Inverse distance weighted interpolation

Le matériel

CM ANOVAun examplefichiers et correction

CM Kruskal-Wallisun exemplecorrection

CM Statistiques spatiales

TD/TP1 – Apprentissage de R, les données: haches-pour-R.txt; voir aussi ici

TD/TP2 – Tests paramétriques et non-paramétriques –

TD/TP3 – Tests (suite) et régression linéaire, les données : bresilL3

TD/TP4-5 – Analyse spatiale, Les données : PNRM.zip


Ressources et liens

Dès la première séance de TP, les logiciels R et RStudio seront installés (dans cet ordre) sur vos machines personnelles. La vidéo ci-dessous décrit brièvement les principales étapes de l’installation (en cas de besoin), mais aussi l’interface de RStudio .


Des packages pourront être installés (tuto ici en cas de problèmes).

Le logiciel R
Le logiciel RStudio

R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)

Statistiques avec R.Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).

Un site incontournable pour l’analyse spatiale et R: rspatial

Un excellent livre en pdf sur le net: Analyse spatiale sous R de Nicolas Casajus. ou ici en pdf si le lien ne fonctionne pas.


Bibliographie générale

Voici une liste non exhaustive de bons livres pour maîtriser le logiciel R:

Statistiques avec R, Pierre-André Cornillon, Relié: 276 pages,  Editeur : Presses Universitaires de Rennes,  Langue : Français

Analyse de données avec R, François Husson, Sébastien Lê et Jérôme Pagès, Relié: 226 pages,  Editeur : Presses Universitaires de Rennes,  Langue : Français

Régression avec R, Pierre-André Cornillon et  Eric Matzner-LoberRelié: 242 pages,  Editeur : Springer, Paris,  Langue : Français

Statistical data analysis explained. Applied Environmental Statistics with R., Clemens Reimann, Peter Fitzmoser, Robert Garrett, Rudolf DutterRelié: 362 pages,  Editeur : Wiley,  Langue : Anglais

Data Analysis and Graphics Using R: An Example-based Approach., John Maindonald and John BraunRelié: 525 pages,  Editeur : Cambridge,  Langue : Anglais.

Bibliographie spécialisée

Statistics and data analysis in Geology, John C. Davis638 pages,  Editeur : J. Wiley, Langue : Anglais

Très bon livre comme le Swan et Sandilands, excepté que celui là est disponible. Plutôt cher (aux alentours de 150$), il constitue néanmoins un bon investissement pour l’avenir.

Applied Spatial data analysis, Edzer J. Pebesma et Roger S. Bivand. Relié: 405 p. Editeur: Springer, Langue : Anglais.

La référence concernant l’analyse spatiale avec R!

Séries temporelles avec R, Aragon, Yves. Relié. Editeur: Springer, Langue : Français.

Très bon livre pour débuter avec les séries temporelles sur R.

statsspat

lien

L’étude “Morphometry of Middle Bronze Age palstaves. Part II – Spatial distribution of shapes in two typological groups, implications for production and exportation” publiée à Journal of Archaeological Science

L’étude “Morphometry of Middle Bronze Age palstaves. Part II – Spatial distribution of shapes in two typological groups, implications for production and exportation” par F. Monna, A. Jebrane, M. Gabillot, R. Laffont, M. Specht, B. Bohard, E. Camizuli, C. Petit, C. Chateau, P. Alibert, vient d’être publiée dans la revue Journal of Archaeological Science, 2013, 40, 507-516, pdf. Il s’agit d’un travail pluridisciplinaire impliquant archéologues, morphométriciens, statisticiens, et géographes. Sur la base de leur forme, nous tentons d’appréhender les modalités de production des haches à talon, ainsi que leurs échanges.

Abstract: For archaeologists, metallic artifacts are key materials to assess Middle Bronze Age production areas and cultural exchanges. Here, a set of 629 bronze palstaves excavated in northern France, belonging to Breton and Norman typological groups, was treated by (open) outline-based morphometrics with orthogonal polynomial regression. Using robust statistics developed for outlier detection, these Norman and Breton palstave outlines can be divided into two groups: those for which the shape fluctuates close to the standard shape, called ”congruent” axes, and those which are far enough from this standard to be considered as “non-congruent”, although they possess most of the features of the typological group. Read more »

L’étude “Morphométrie des haches à talon de l’âge du Bronze ‐Etude de la variation spatiale des formes dans deux groupes typologiques. Implications sur la production et l’exportation” présentée au séminaire du réseau inter-MSH, Tours

Extraction du profil d’une hache

L’étude “Morphométrie des haches à talon de l’âge du Bronze ‐Etude de la variation spatiale des formes dans deux groupes typologiques. Implications sur la production et l’exportation.” par Fabrice Monna, A. Jebrane, M. Gabillot, R. Laffont, M. Specht, B. Bohard, E. Camizuli, C. Petit, C. Chateau, P. Alibert, vient d’être présentée au séminaire inter-MSH [pdf].

Dans ce travail, un lot de 629 haches à talon de l’âge du Bronze Moyen, appartenant aux groupes typologiques “Breton” et “Normand” a été traité selon une approche morphométrique utilisant les polynômes orthogonaux sur contours ouverts. A l’aide de procédures statistiques robustes, développées originellement pour mettre en évidence des individus aberrants, ces haches normandes et bretonnes peuvent être divisées en deux sous groupes: celles dont la forme fluctue raisonnablement autour de la forme standard (considérées comme conformes), et celles qui sont suffisamment éloignées de la forme standard pour être considérées comme non conformes. Read more »