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Analyse spatiale – L3STE

Analyse spatiale avec R – une rapide introduction (4h CM, 6h TP)

Rappels de statistiques

  • Le test de Kolmogorov-Smirnov
  • La loi de Poisson

Analyse spatiale des motifs (point pattern analysis)

  • Distribution spatiale: le but
  • Analyse des quadrats
  • Analyse du plus proche voisin
  • La fonction G
  • La fonction F
  • Le K de Ripley
  • Représentation par densité kernel

Auto-corrélation spatiale

  • Le principe
  • Un exemple temporel
  • Auto-corrélation spatiale
  • L’indice de Moran
  • Test et graphe de l’indice de Moran

Interpolation

  • Le principe
  • Diagramme de Voronoï
  • IDW: Inverse distance weighted interpolation

Le matériel

  • Le cours en ppt, en pdf  ;
  • La feuille de TP: en doc, en pdf
  • Les données à télécharger: PNRM.zip

Ressources et liens

Un site incontournable pour l’analyse spatiale et R: rspatial

Un excellent livre en pdf sur le net: Analyse spatiale sous R de Nicolas Casajus. ou ici en pdf si le lien ne fonctionne pas.

R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)

Statistiques avec R.Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).

Le logiciel R
Le logiciel RStudio

Bibliographie générale

 

Voici une liste non exhaustive de bons livres pour maîtriser le logiciel R:

Statistiques avec R, Pierre-André Cornillon, Relié: 276 pages,  Editeur : Presses Universitaires de Rennes,  Langue : Français

Analyse de données avec R, François Husson, Sébastien Lê et Jérôme Pagès, Relié: 226 pages,  Editeur : Presses Universitaires de Rennes,  Langue : Français

Régression avec R, Pierre-André Cornillon et  Eric Matzner-LoberRelié: 242 pages,  Editeur : Springer, Paris,  Langue : Français

Statistical data analysis explained. Applied Environmental Statistics with R., Clemens Reimann, Peter Fitzmoser, Robert Garrett, Rudolf DutterRelié: 362 pages,  Editeur : Wiley,  Langue : Anglais

Data Analysis and Graphics Using R: An Example-based Approach., John Maindonald and John BraunRelié: 525 pages,  Editeur : Cambridge,  Langue : Anglais.

Bibliographie spécialisée

 

Statistics and data analysis in Geology, John C. Davis638 pages,  Editeur : J. Wiley, Langue : Anglais

Très bon livre comme le Swan et Sandilands, excepté que celui là est disponible. Plutôt cher (aux alentours de 150$), il constitue néanmoins un bon investissement pour l’avenir.

 

Applied Spatial data analysis, Edzer J. Pebesma et Roger S. Bivand. Relié: 405 p. Editeur: Springer, Langue : Anglais.

La référence concernant l’analyse spatiale avec R!

Séries temporelles avec R, Aragon, Yves. Relié. Editeur: Springer, Langue : Français.

Très bon livre pour débuter avec les séries temporelles sur R.

statsspat

Le clip “Modélisation 3D par photogrammétrie” pour le Musée d’Anthropologie Préhistorique de Monaco

Mongolievideo_iconVoir le clip ici.

Présentation simplifiée du workflow photogrammétrique. L’exemple choisi est celui des stèles de la culture Okunev qui a pris place durant la seconde moité du 3e millénaire et le début du 2e millénaire avant notre ère, dans le bassin de Minusinsk, situé dans la partie Nord-Est de l’Asie Centrale. Ce travail est effectué dans le cadre d’un projet mené par Jérome Magail, Musée d’anthropologie préhistorique de Monaco.

Morphométrie – M2 AGES

Introduction à la morphométrie (4h CM + 6h TD)

Introduction

  • Problématique archéologique
  • Plusieurs types de variables
  • Ce qui nous intéresse ici: la forme

Collecter les données

  • Distances, angles, etc…
  • Contours ouverts
  • Contours fermés
  • Points homologues

 Préparation et production des données

  • Bookstein registration
  • Méthodes Procrustes
  • Techniques de régression
  • Méthodes de type Fourier

 Traitement des données (deux techniques parmi d’autres)

  • Analyse en composantes principales, espace morphologique
  • Analyse discriminante

Le matériel

 

Le cours en ppt (1/2) ; Le cours en ppt (2/2) ; TD ACP (1/2) ; TD DA (2/2)

Points homologues et monnaies: TP-3_2017.docx ; TP-3_2017.pdf ; Statere.zip

Jeu de données additionnelles: Monnaies.zip

Les articles sur les haches à talon: JAS, 2009 ; JAS, 2013

L’article sur les poteries: JAS 2014

 

Ressources et liens

R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)

Statistiques avec R.Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).

Le logiciel R Le logiciel Tinn-R Le logiciel RStudio

Le logiciel MorphoJ: ici

 

Bibliographie générale

Morphometrics with R, Julien Claude, Relié: 318 p, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un excellent livre qui a servi à l’élaboration de ce cours. Un ouvrage a recommander. Nécessite quelques connaissances de base en mathématiques et statistiques.

Morphometrics for Nonmorphometricians, Elewa, Ashraf M.T. et al., Relié, 367 pp, Editeur : Springer, Langue: Anglais.

Un bon livre d’introduction à la morphométrie. Attention l’aspect mathématique n’est que peu exposé. Des exemples archéologiques sont présentés.

 

An Introduction to Applied Multivariate Analysis with R, Everitt, Brian, Hothorn, Torsten, Relié: 274 pp, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un très bon livre sur les statistiques multivariées et leur mise en place sur le logiciel R. Un ouvrage (presque) indispensable.