Posted on08/12/2021byFabrice Monna|Comments Off on L’article ‘Compositional data analysis (CoDA) as a tool to evaluate a new low-cost settling-based PM10 sampling head in a desert dust source region’ par Xu-Yang et al. publié dans Atmospheric Measurement Techniques
Le dispositif installé en Tunisie (Photo Rémi Losno)
Yangjunjie Xu-Yang, dans le cadre de son doctorat encadré par Rémi Losno, vient de publier dans Atmospheric Measurement Technique, un article qui présente un nouveau collecteur de PM10. L’utilisation de la technique statistique CoDA permet de démontrer que les collecteurs spécifiques (et chers), généralement utilisé pour ce type de prélèvement, peuvent être remplacés efficacement par la technique proposée. Aucun biais n’est à déplorer dans la composition chimique du matériel échantillonné. L’appareil est bon marché, et il est simple à construire, même dans des lieux où l’accès aux fournitures est délicat.
Dès la première séance de TP, les logiciels R et RStudioseront installés (dans cet ordre) sur vos machines personnelles. La vidéo ci-dessous décrit brièvement les principales étapes de l’installation (en cas de besoin), mais aussi l’interface de RStudio .
Des packages pourront être installés (tuto ici en cas de problèmes).
R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf). Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf). Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)
Statistiques avec R.Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).
Un site incontournable pour l’analyse spatiale et R: rspatial
Voici une liste non exhaustive de bons livres pour maîtriser le logiciel R:
Statistiques avec R, Pierre-André Cornillon, Relié: 276 pages, Editeur : Presses Universitaires de Rennes, Langue : Français
Analyse de données avec R, François Husson, Sébastien Lê et Jérôme Pagès, Relié: 226 pages, Editeur : Presses Universitaires de Rennes, Langue : Français
Régression avec R, Pierre-André Cornillon et Eric Matzner-Lober, Relié: 242 pages, Editeur : Springer, Paris, Langue : Français
Statistical data analysis explained. Applied Environmental Statistics with R., Clemens Reimann, Peter Fitzmoser, Robert Garrett, Rudolf Dutter, Relié: 362 pages, Editeur : Wiley, Langue : Anglais
Data Analysis and Graphics Using R: An Example-based Approach., John Maindonald and John Braun, Relié: 525 pages, Editeur : Cambridge, Langue : Anglais.
Bibliographie spécialisée
Statistics and data analysis in Geology, John C. Davis, 638 pages, Editeur : J. Wiley, Langue : Anglais
Très bon livre comme le Swan et Sandilands, excepté que celui là est disponible. Plutôt cher (aux alentours de 150$), il constitue néanmoins un bon investissement pour l’avenir.
Applied Spatial data analysis, Edzer J. Pebesma et Roger S. Bivand. Relié: 405 p. Editeur: Springer, Langue : Anglais.
La référence concernant l’analyse spatiale avec R!
Séries temporelles avec R, Aragon, Yves. Relié. Editeur: Springer, Langue : Français.
Très bon livre pour débuter avec les séries temporelles sur R.
R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf). Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf). Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)
Statistiques avec R. Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).
Pour les étudiants n’ayant pas de formations préalables en statistiques et/ou sur R, il est indispensable de lire attentivement ces deux documents avant la première séance de TP:
R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf). Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Dès la première séance de TP, les logiciels R et RStudioseront installés (dans cet ordre) sur vos machines personnelles. La vidéo ci-dessous décrit brièvement les principales étapes de l’installation (en cas de besoin), mais aussi l’interface de RStudio .
Des packages pourront être installés (tuto ici en cas de problèmes).
Précisions sur le TP Analyse Spatiale
Travail à réaliser impérativement sur son ordinateur personnel avant le TP en salle.
Installer R et RStudio, si ce n’est pas déjà fait (voir ci-dessus).
Les packages à installer sont mentionnés dans la feuille de TD: terra, raster, sp, rgdal, rgeos, spatstat, maptools, dismo, gstat, spdep. Pour le package terra, il peut être nécessaire d’utiliser l’instruction suivante dans la console R:
Vous trouverez plus d’information à l’adresse suivante: https://github.com/rspatial/terra Afin de vérifier la configuration, vous devrez essayer dans la console :
Il y aura des messages d’avertissement (ce qui est normal), mais il ne doit pas y avoir d’erreurs. Lancer ces instructions une deuxième fois ne devrait plus produire aucun message.
Bibliographie générale
Selon votre niveau, et compte tenu de la diversité des origines des M2 AGE, je ne peux que vous recommander une visite des pages dédiées aux L1 et L2 ST où les statistiques descriptives, la théorie de l’échantillonnage, les tests paramétriques et non-paramétriques, et les techniques de régression sont détaillées.
En outre, de très nombreux manuels de statistiques existent. Dans la mesure du possible, privilégiez les livres écrits pour les biologistes, qui sont souvent plus digestes que ceux publiés pour les mathématiciens.
Voici une liste non exhaustive de bons livres pour maitriser le logiciel R:
Statistiques avec R, Pierre-André Cornillon, Relié: 276 pages, Editeur : Presses Universitaires de Rennes, Langue : Français
Analyse de données avec R, François Husson, Sébastien Lê et Jérôme Pagès, Relié: 226 pages, Editeur : Presses Universitaires de Rennes, Langue : Français
Régression avec R, Pierre-André Cornillon et Eric Matzner-Lober, Relié: 242 pages, Editeur : Springer, Paris, Langue : Français
Statistical data analysis explained. Applied Environmental Statistics with R., Clemens Reimann, Peter Fitzmoser, Robert Garrett, Rudolf Dutter, Relié: 362 pages, Editeur : Wiley, Langue : Anglais
Data Analysis and Graphics Using R: An Example-based Approach., John Maindonald and John Braun, Relié: 525 pages, Editeur : Cambridge, Langue : Anglais.
Bibliographie spécialisée
Introduction to Geological Data Analysis, A.R.H. Swan, M. Sandilands, 446 pages, Editeur : Blackwell Sciences, Langue : Anglais
Très bon livre dédié aux géologues et environnementalistes. Les procédures sont détaillées à partir de problèmes concrets. Très utile également pour les archéologues et les étudiants issus de Vigne et Vin. Malheureusement épuisé.
Statistics and data analysis in Geology, John C. Davis, 638 pages, Editeur : J. Wiley, Langue : Anglais
Très bon livre comme le Swan et Sandilands, excepté que celui là est disponible. Plutôt cher (aux alentours de 150$), il constitue néanmoins un bon investissement pour l’avenir.
Statistics in archaeology, Michael Baxter, 291 pages, Editeur : Arnold Applications of statistics, Langue : Anglais
Très bon livre qui montre comment des techniques de pointe (de statistiques) peuvent être appliquées à l’archéologie. Attention, les procédures ne sont pas réellement détaillées! Une connaissance préalable assez poussée est requise.
Pratique archéologique statistique et graphique, Robert Chenorkian, 140 pages, Editeur : Errance, Langue : Français. Un livre épuisé dont on peut s’économiser la lecture. Mieux vaut privilégier les ouvrages cités au dessus.
Posted on06/10/2017byFabrice Monna|Comments Off on L’article :”Perturbation vectors to evaluate air quality using lichens and bromeliads. A Brazilian case study” publié par Environmental Monitoring and Assessment
L’article “Perturbation vectors to evaluate air quality using lichens and bromeliads. A Brazilian case study” par Monna, F., Marques Jr., A.N., Guillon, R., Losno, R., Couette, S., Navarro, N., Dongarra, G., Tamburo, E., Varrica, D., Chateau, C., et Nepomuceno, F.O., vient d’être publié par Environmental Monitoring and Assessment, 2017, 189:566.
Les lichens et les broméliades sont des organismes épiphytes capables d’accumuler, par voie atmosphériques, les métaux bien au delà de leurs besoins physiologiques. Ils ont été utilisés ici pour caractériser quatre zonesdifféremment affectés par l’activité anthropique; toutes situées autour de Rio de Janeiro. L’originalité de ce travail consiste à traiter les données à l’aide d’un opérateur mathématique sous-employé: le vecteur perturbation qui traduit les changements en termes de composition chimique. Il appartient à une famille statistique appelée analyse compositionnelle (CoDA). Son application à un large spectre de problèmes géochimiquespourrait bien faciliter l’interprétation des nombreux résultats collectés.
